Штраф бухгалтера за увеличение налоговой базы

Добрый день! Уважаемые коллеги, подскажите пожалуйста, я начинающий бухгалтер, у нас есть 2 фирмы на ооо  (X и Y)от поставщика пришел товар на 1 фирму , а продать надо со второй, я сделала:
1) отразить приход товара от поставщика на фирму Х на сумму 100 000
Д41 К 60 - 100 000
Д19 К 60 -18 000

2) перепродажа товара по себестоимости от фирмы X на фирму Y - 100 000
Д 62 К 90 - 100 000
Д90 К 68 - 18 000

3) фирма Y отразила поступление товара от фирмы X
Д41 К 60 -100 000
Д19 К 60 - 18 000

3) продажа товара с фирмы Y конечному покупателю - 200 000
Д 62 К 90 - 200 000
Д90 К 68 - 36 000

вопрос состоит в том что директор сперва одобрил этот вариант, но потом оштрафовал, заявив что эта операция привела к увеличению налоговой базы 
, я вижу что здесь только налог НДС и операция перепродажи товара с одной нашей фирмы на вторую ни как не влияет на налоговую базу. подскажите , может я в чем то ошибаюсь ?